A tatárjárás után a királynéi német telepesfalvakat a vizsolyi ispánság fogta össze, külön ispánnal az élükön.

Kun László uralkodása alatt, az 1280-as években az Aba nemzetség hatalmába került, akik a Gönctől délkeletre emelkedő hegyen felépítették Gönc várát, melynek romjait az Aba-nemzetségbeli Amadéról még ma is Amadé-várnak neveznek. Aba Amadé itt rendezte be udvartartását és a feudális anarchia korában innen intézte országos ügyeit; innen kormányozta az uralma alá tartozó vármegyéket is.

Vencel király uralkodása alatt az ifjú Károly Róbert király egy ideig Göncön tartózkodott Amadé nádornál, a várban. 1304 körül a Vencel híveiül szegődött szepesi szászok és kassai polgárok megostromolták Gönc várát, de sikertelenül.

Az ostromlókat megverték, Vencel zászlaját elvették. A zászlót Apród István gönci várnagy elküldte Oroszországba Károly Róbertnek, aki épp első feleségét hozta el onnan. 1311-ben Amadé nádor halála után fiai a király ellen fordultak, de 1312-ben a rozgonyi csatában vereséget szenvedtek. Ezután a várat Károly Róbert király Drugeth Fülöppel megostromoltatta. Az elfoglalt várat a várossal a Drugeth családnak adta.

Egyházát kivették az egri püspök joghatósága alól; kegyura a királyné volt.

Az 1332. évi pápai tizedjegyzék szerint ez évben plébánosa, illetőleg káplánja 2 M. (2000 garas?) és fél fertó (nyolcad tallér, esetleg dukát?), 1333-ban 2 és fél M. pápai tizedet fizetett, ez a mezővárosok szintjének felel meg.

A huszita mozgalom idején a husziták kezére került. A főként németek lakta település a török hódoltság alatt újra magyar többségűvé vált.
1570 és 1647 között Gönc Abaúj vármegye székhelye volt. A reformáció idején fontos szerepet töltött be a kultúrában; itt fordította magyarra a Bibliát Károlyi Gáspár (lásd: Károlyi-biblia). 1687-ben egy időre Göncön telepedett meg a Sárospatakról elűzött református főiskola is.